一、申请准备
自我评估：企业需对照《海关高级认证企业标准》，从内部控制、财务状况、守法规范、贸易安全等方面进行全面评估，确保自身符合相关要求，如企业的财务指标需达标且无银行保函，信息系统要能实现数据交互等。
部门设置与职责分工：应设立进出口业务、财务、贸易安全、内部审计等部门或岗位，并明确各部门的职责分工，确保管理到位。
信用记录查询：通过“关企合作平台”查询本企业在海关的信用等级情况，确认是否符合申请条件，一般信用等级为一般认证企业的可申请高级认证。
二、提交申请
材料准备：企业向注册地海关提交加盖公司公章的《适用认证企业管理申请书》和《自我评估报告》等申请材料，申请材料需齐全、完整、规范，包括企业基本情况介绍、财务报表、经营管理制度、进出口业务记录等，以真实、准确、完整地反映企业的经营状况和管理水平。
在线申报：企业也可在“关企合作平台”上自行录入完成申请，申报功能包括新增、修改、删除、打印、查询等，方便企业进行认证的申请操作和结果查询。
三、海关受理与审查
受理：海关对提交的申请材料进行初步审核，若材料齐全且填写完整、规范，予以接受并制发《适用认证企业管理申请书回执》；若材料不全或不符合要求，会通知企业补充或修正。
审查：海关依据高级认证企业通用标准和相应单项标准的审查要点，对企业的申请和有关资料进行审查，审查方式包括书面审查和实地审查，海关可能会对企业的经营场所、仓库、生产线等进行实地考察，以核实申请材料的真实性和准确性。
四、实地认证
时间安排：海关下发企业认证指令后，将提前将认证时间通知企业，企业应参照《海关认证企业标准操作指引》进行认证准备，包括对企业的办公区域、厂房、仓库、物流运输等进行实地查看等。
认证过程：海关组成认证组对企业进行实地认证，根据认证标准对企业的内部控制、财务状况、守法规范、贸易安全等方面的实际运行情况进行评估和考核，并形成认证结论。
五、作出决定与制发证书
作出决定：海关自收到申请及相关资料之日起90日内进行认证并作出是否通过认证的决定，特殊情况下，认证时限可以延长30日，经认证符合高级认证企业标准的企业，海关制发《高级认证企业证书》；未通过认证的企业，海关制发《未通过认证决定书》。
证书有效期与后续监管：海关高级认证企业每3年重新认证一次，期间海关会对企业进行定期和不定期的复查，以确保企业持续符合高级认证企业标准，企业若发生名称变更、法定代表人变更、经营范围变更等情形，应及时向海关报告。
