杨晓明被抓的原因涉及严重违纪违法，但具体细节尚未有官方全面公开披露，以下是可能涉及的违法行为分析：
1、利益输送问题
疫苗代理与代理费：据知情人士透露，大型疫苗集团因自身销售队伍力量不足采取代理制，而北京生物的疫苗销量极大，若按每支给1元代理费计算，每年总代理费高达数亿元，部分代理费可能回流到了个人腰包。
商业合作利益关联：在疫苗的研发、生产、销售等环节，可能与其他企业或机构存在不正当的商业合作，通过关联交易等方式获取非法利益，比如在原材料采购、设备租赁、市场推广等方面进行利益输送，损害了公共利益和国家财产。
2、违反工作纪律和廉洁纪律
利用职务之便谋取私利：杨晓明作为国家联合疫苗工程技术研究中心的主任、中国生物原董事长等，拥有重要职权，他可能利用职务上的便利，为自己或他人谋取不正当的利益，如接受相关企业的贿赂、回扣等，违反了工作纪律和廉洁纪律。
违规决策和操作：在公司的经营管理、项目决策等方面，可能存在违规行为，例如未经正常审批程序擅自决定重大项目投资、人事任免等，影响了公司的发展秩序和国有资产的安全。
杨晓明被抓的原因是复杂的，可能涉及多个方面的问题，这些行为都违反了党纪国法和廉洁自律的规定，损害了国家利益和社会公共利益，最终导致了他被依法查处。
